Viện Hàn lâm Khoa học Estonia có 4 ban ngành[7][8] sau:

• Vật lý học và Thiên văn học (Astronoomia ja füüsika osakond)
• Tin học và Khoa học Kỹ thuật (Informaatika ja tehnikateaduste osakond)
• Sinh học, Địa chất học và Hóa học (Bioloogia, geoloogia ja keemia osakond)
• Khoa học Xã hội và Nhân văn (Humanitaar- ja sotsiaalteaduste osakond)

Ban Vật lý học và Thiên văn học

• Jaak minister (Trưởng ban)
• Jaan Einasto
• Ene Ergma
• Arvi Freiberg
• Vladimir Hizhnyakov
• Georg Liidja
• Endel Lippmaa
• Ülo Lumiste
• Tšeslav Lushchik
• Eve Oja
• Enn Saar
• Peeter Saari
• Mart Saarma
• Arved-Ervin Sapar[9]
• Gennady Vainikko
• Richard Villems

Các viện sĩ nước ngoài

• Richard R. Ernst
• Charles Gabriel Kurland
• Jaan Laane
• Jaak Peetre

Ban Tin học và Khoa học Kỹ thuật

• Tarmo Soomere (Trưởng ban)
• Olav Aarna
• Hillar Aben
• Jüri Engelbrecht
• Ülo Jaaksoo
• Lembit Krumm
• Valdek Kulbach
• Rein Kuttner
• Ülo Lepik
• Enn Lust
• Enn Mellikov
• Leo Mõtus
• Arvo Ots
• Enn Grubby
• Raimund-Johannes Ubar
• Tarmo Uustalu

Các viện sĩ nước ngoài

• Antero Jahkola
• Gerard A. Maugin
• Godfrey Michael Rodd
• Grigori Mints

Ban Sinh học, Địa chất học và Hóa học

• Mario Koppel (Trưởng ban)
• Jaak Lake
• Ain-Elmar Kaasik
• Dimitri Kaljo
• Mati Karelson
• Hans Küüts
• Agu Laisk
• Flower Ülo
• Udo Margna
• Jüri Martin
• Andres Metspalu
• Erast Parmasto
• Anto
• Saks Valdur
• Martin Zobel
• Hans-route Voldemar
• Raivo Uibo
• Ustav Mart
• Eero Hammer
• Mihkel Veiderma

Các viện sĩ nước ngoài

• Carl-Olof Jacobson
• Johannes Piiper
• Matt Saarnisto
• Helmut Schwarz
• Janis Stradins

Ban Khoa học Xã hội và Nhân văn

• Urmas Sparrow (Trưởng ban)
• Allik
• Mikhail Bronshtein
• Raimund Hagelberg
• Mart Kalm
• Arvo Krikmann
• Arno Köörna
• Walter Lang
• Jan Ross
• Tailor Huno
• Karl Siilivask
• Peter TulvisteJan Undusk
• Urmas Sparrow
• Manager Õim

Các viện sĩ nước ngoài

• Els Oksaar
• Päiviö Tommila
• Endel Tulving
• Henn-Jüri Uibopuu